W tym okresie firma koncentrowała się głównie na świadczeniu usług z zakresu obsługi technicznej statków, a w szczególności na remontach i konserwacji urządzeń automatyki okrętowej. Rozpoczęto także usługi odbioru i utylizacji olejów przepracowanych ze statków morskich.

W związku z procesem toczącym się przed Międzynarodowym Trybunałem w Hadze wniesionym w 1990 r. przez armatora zagranicznego przeciwko ówczesnemu portowemu przedsiębiorstwu państwowemu w sprawie praktyk monopolistycznych, naruszenia Konwencji MARPOL i niewłaściwą obsługą statku przy odbiorze zaolejonych wód balastowych, ówczesny Główny Inspektor Ochrony Środowiska Morskiego Urzędu Morskiego w Gdyni zainspirował Przedsiębiorstwo COMAL do działalności ekologicznej w ochronie wód Zatoki Gdańskiej i kanałów portowych, deklarując wszelką pomoc administracyjną i prawną w okresie głębokiego kryzysu gospodarczego kraju.

W wyniku wieloletnich inwestycji oraz współpracy z ośrodkami naukowymi m.in. Uniwersytetu Gdańskiego i Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie, a także specjalistami z zakresu ochrony środowiska, na terenie stoczniowym powstała pierwsza (jak do tej pory jedyna) w Polsce instalacja, w skład której wchodziła mechaniczno-chemiczno-biologiczna oczyszczalnia wód zaolejonych z biocenozą słonowodną, ze stopniem filtracji i dezynfekcji ścieków pochodzących ze statków morskich, co wyprzedzało postanowienia Konwencji Helsińskiej. W instalacji zastosowano autorskie rozwiązania technologiczne spełniające wszelkie wymagania stawiane ściekom pod względem jakościowym, środowiskowym i sanitarnym, wprowadzanym do ekosystemu morskiego.

Oczyszczalnia przemysłowa pod skróconą nazwą Oczyszczalnia Wód Zaolejonych (zwanej dalej OWZ) uzyskała pozwolenie wodnoprawne na zrzucanie oczyszczonych ścieków do kanału portowego w maju 1995 r.

Występujące w połowie lat dziewięćdziesiątych znaczne zapotrzebowanie w stoczniach remontowych i produkcyjnych na usługi z zakresu prac antykorozyjnych zdeterminowało decyzję o zakupie  rozszerzenia działalności specjalistycznych urządzeń i sprzętu do wykonywania prac konserwacyjno-malarskich oraz nowoczesnych metod oczyszczania powierzchni stalowych i betonowych. Usługi te z powodzeniem realizowano na zlecenia głównie Gdańskiej Stoczni "Remontowa", Stoczni Marynarki Wojennej w Gdyni, Stoczni Remontowej "Nauta", Stoczni Gdynia i innych zakładów przemysłowych na wybrzeżu.

W III Ogólnopolskim Konkursie "Przyjaźni Środowisku", organizowanym w 2001 roku pod patronatem Prezydenta RP, przyznano firmie w finale konkursu wyróżnienie w kategorii "Technologia Godna Polecenia". Za postęp w rozwoju firmy i osiągnięcia technologiczne, firma otrzymała także indywidualne listy gratulacyjne od Ministra Ochrony Środowiska oraz Wojewody Pomorskiego. 

Pozwolenie Zintegrowane zostało przyznane na prowadzenie instalacji odzysku i unieszkodliwiania odpadów niebezpiecznych. Osiągnięte przez firmę wyniki jakościowe procesów technologicznych znalazły uznanie i wysoką ocenę Wydziałów Ochrony Środowiska Urzędu Wojewódzkiego i Miejskiego w Gdańsku.